Tiền thân của Trường Đại học Nha Trang là Khoa Thủy sản, thuộc Học viện Nông Lâm Hà Nội, được thành lập vào ngày 01/8/1959, sau đó được tách ra và lấy tên là Trường Thủy sản vào ngày 16/8/1966. Năm 1976, Trường chuyển từ TP. Hải Phòng và TP. Nha Trang (tỉnh Khánh Hòa) và lần lượt đổi tên thành Trường ĐH Hải sản (năm 1977) và Trường Đại học Thủy sản (năm 1980). Theo Quyết định số 172/2006/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, kể từ ngày 25/7/2006, Trường chính thức mang tên “Trường Đại học Nha Trang”.

Tọa lạc trên ngọn đồi Lasan phía Đông Bắc thành phố biển Nha Trang, với 2 mặt giáp biển, Trường Đại học Nha Trang là một trong những trường đại học có cảnh quan đẹp nhất Việt Nam. Trải qua hơn 65 năm xây dựng và phát triển, đến nay, Trường Đại học Nha Trang đã trở thành một cơ sở đào tạo đa ngành, đa lĩnh vực, đa cấp học có uy tín, với nền tảng, thế mạnh là lĩnh vực khoa học - công nghệ biển và thủy sản. Với vị thế là đơn vị đào tạo hàng đầu về khoa học nghề cá và nuôi trồng thủy sản ở cấp quốc gia, Trường Đại học Nha Trang tiếp tục giữ vai trò quan trọng trong việc thúc đẩy phát triển kinh tế biển Việt Nam, góp phần cung cấp nguồn nhân lực cần thiết đáp ứng quá trình hội nhập tất yếu của quốc gia.

Với 20 khoa, viện, trung tâm nghiên cứu, trung tâm chuyển giao công nghệ, Trường ĐH Nha Trang hiện có khoảng 15.000 sinh viên theo học, đến từ mọi miền đất nước và nhiều quốc gia trên thế giới. Trường ĐH Nha Trang đã ba lần được công nhận đạt chuẩn kiểm định quốc gia. Lần thứ nhất, năm 2009, Trường ĐH Nha Trang là một trong 20 trường đại học đầu tiên của cả nước được Hội đồng Quốc gia kiểm định chất lượng giáo dục công nhận đạt tiêu chuẩn chất lượng giáo dục. Lần thứ 2, Trường được Trung tâm Kiểm định chất lượng giáo dục (ĐH Quốc gia TP.HCM) công nhận đạt chuẩn chất lượng giáo dục vào ngày 31/1/2018. Lần thứ 3 vào năm 2023, Trường được Trung tâm Kiểm định Chất lượng giáo dục (ĐH Quốc gia TP.HCM) công nhận. Ngày 15/7/2024 vừa qua, Viện Đổi mới sáng tạo UPM đã công bố kết quả xếp hạng đối sánh theo Bộ tiêu chuẩn của UPM với 8 tiêu chuẩn và 52 tiêu chí. Trường Đại học Nha Trang đã đạt được kết quả tổng thể ở mức 5 sao theo định hướng đổi mới sáng tạo và ứng dụng với 763/1000 điểm. Trong đó, 4/8 lĩnh vực cùng đạt 5 sao. Theo kế hoạch đến năm 2025 toàn bộ các CTĐT Nhà trường đều hoàn thành công tác tự đánh giá và khoảng 50% các CTĐT đã được kiểm định trong nước và quốc tế.

Hiện nay, Trường ĐH Nha Trang đang đào tạo 60 ngành/chuyên ngành trình độ đại học, 19 ngành trình độ thạc sĩ và 11 ngành trình độ tiến sĩ. Ngoài ra, Trường còn tham gia thực hiện nhiều chương trình đào tạo nghề, các khóa đào tạo ngắn hạn, các chương trình hè… đáp ứng nhu cầu của xã hội. Nguồn lực nhân sự cũng là một thế mạnh của Trường với trên 650 cán bộ giảng viên, trong đó có 31 Giáo sư, Phó Giáo sư; hơn 170 Tiến sĩ; hơn 350 Thạc sĩ, trong đó hơn 40% cán bộ, giảng viên được đào tạo tại các nước phát triển.

Trường ĐH Nha Trang cũng đặc biệt chú trọng đến việc mở rộng quan hệ hợp tác trong đào tạo và nghiên cứu khoa học, coi đây là một trong những trọng tâm phát triển của Nhà trường. Trường đã xây dựng nhiều mối quan hệ hợp tác với các đối tác trong và ngoài nước, đặc biệt trong lĩnh vực thuỷ sản, Trường có mối liên hệ với hầu hết các trường, viện có ưu thế về đào tạo, nghiên cứu thuỷ sản trên thế giới. Từ những thành tựu gặt hái trong nhiều năm qua, Trường Đại học Nha Trang  tiếp tục bước từng bước vững chắc trên con đường thực hiện sứ mệnh của mình là đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, chuyển giao công nghệ và cung cấp dịch vụ chuyên môn đa lĩnh vực, đáp ứng nhu cầu phát triển kinh tế xã hội ngày càng cao của đất nước và hội nhập quốc tế.

Với những đóng góp quan trọng trong đào tạo và nghiên cứu, Trường Đại học Nha Trang đã nhận được nhiều phần thưởng cao quý của Chính phủ như Huân chương Lao động, Huân chương Độc lập, cũng như phần thưởng cao quý nhất - Huân chương Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới.