Ngày 25/7/2006, Chính phủ đã quyết định đổi tên trường ĐH Thủy sản thành trường ĐH Nha Trang. Đồng thời, Chủ tịch nước cũng tặng danh hiệu Anh hùng Lao động cho ĐH Nha Trang và PGS.TS - Nhà giáo ưu tú Trần Thị Luyến, Phó Hiệu trưởng nhà trường. Lễ đón nhận danh hiệu Anh hùng Lao động và quyết định đổi tên đã được trường ĐH Nha Trang tổ chức trọng thể sáng 2/10.
Trường ĐH Nha Trang đang đào tạo 4 cấp học (trung cấp, CĐ, ĐH, sau ĐH) với 25 chuyên ngành thuộc các lĩnh vực thủy sản, kỹ thuật, công nghệ, kinh tế và xã hội nhân văn, có hơn 15.000 sinh viên, trên 400 học viên cao học và nghiên cứu sinh.
Từ nay đến năm 2020, trường sẽ hoàn chỉnh hệ thống chương trình đào tạo đa ngành, đa lĩnh vực với 40 - 45 mã ngành đào tạo, tăng quy mô tuyển sinh hàng năm lên 9.000 sinh viên.