Theo quyết định số 1735/QĐ-BGDĐT, Bộ Giáo dục và Đào tạo cho phép Trường ĐH Nha Trang đào tạo trình độ Tiến sĩ ngành Công nghệ sinh học với mã số 9420201. Việc xác định chỉ tiêu tuyển sinh, tổ chức tuyển sinh, tổ chức đào tạo, đánh giá kết quả học tập và cấp bằng tốt nghiệp sẽ được triển khai thực hiện theo các quy định hiện hành.

Hiện nay, Trường ĐH Nha Trang đào tạo 11 ngành ở trình độ Tiến sĩ gồm: Nuôi trồng thủy sản, Kỹ thuật cơ khí động lực, Kỹ thuật tàu thủy, Khai thác thủy sản, Công nghệ chế biến thủy sản, Công nghệ sau thu hoạch, Công nghệ thực phẩm, Quản trị kinh doanh, Kỹ thuật cơ khí, Kinh tế và quản lý tài nguyên biển và Công nghệ sinh học. Bắt đầu đào tạo trình độ sau đại học từ năm 1988, đến nay, Trường ĐH Nha Trang đã dần khẳng định được vị thế và thế mạnh trong đào tạo và nghiên cứu. Đến ngày 30/05/2021, Trường ĐH Nha Trang đã có nghiên cứu sinh thứ 100 bảo vệ luận án tiến sĩ cấp trường, đánh dấu một cột mốc mới trong công tác đào tạo sau đại học của Nhà trường.

Với hơn 33 năm kinh nghiệm, hoạt động đào tạo trình độ tiến sĩ của Nhà trường đang dần tiếp cận chuẩn đào tạo của thế giới và khu vực với số lượng và chất lượng các luận án tiến sĩ ngày càng tăng lên. Nhiều nghiên cứu sinh sau khi bảo vệ luận án thành công tại Trường ĐH Nha Trang và nhận học vị tiến sĩ, đã và đang có nhiều đóng góp cho sự phát triển của khoa học – công nghệ, đào tạo cũng như trong sản xuất, góp phần vào sự nghiệp phát triển kinh tế - xã hội của đất nước.