Đề tài nghiên cứu do nghiên cứu sinh Nguyễn Thị Hải Thanh thực hiện có tên “Nghiên cứu đặc điểm sinh học sinh sản và thử nghiệm sản xuất giống nhân tạo cá khoang cổ yên ngựa Amphiprion polymnus (Linnaeus, 1758)”. Nuôi trồng thủy sản cũng chính là một trong các chuyên ngành đầu tiên Nhà trường thực hiện đào tạo trình độ Tiến sĩ từ năm 1988. Đến thời điểm này, Trường ĐH Nha Trang đã có 100 nghiên cứu sinh bảo vệ thành công luận án tiến sĩ, trong đó, ngành Nuôi trồng thủy sản có số nghiên cứu sinh bảo vệ thành công luận án nhiều nhất (38 người), kế đến là ngành chế biến thủy sản (30 người), ngành cơ khí (17 người) và ngành khai thác thủy sản (15 người).
Năm 1988, được sự cho phép của Bộ GD&ĐT, Trường ĐH Nha Trang chính thức tuyển sinh và đào tạo trình độ Tiến sĩ ở các chuyên ngành Nuôi trồng thủy sản, Khai thác và Chế biến thủy sản, khởi đầu cho quá trình phát triển thành một trung tâm đào tạo sau đại học uy tín, đặc biệt là trong lĩnh vực Thủy sản. Nghiên cứu sinh đầu tiên thuộc ngành Nuôi trồng thủy sản. Đến năm 1993 bắt đầu tuyển sinh đào tạo tiến sĩ ngành chế biến thủy sản (với tên chuyên ngành trước đây là Công nghệ sản phẩm từ thịt và cá). Năm 1996, bắt đầu đào tạo ngành Kỹ thuật tàu thủy và Cơ khí động lực (với tên gọi ngành trước đây là Thiết bị và các bộ phận năng lượng trong tàu). Năm 2000 bắt đầu đào tạo ngành Khai thác thủy sản (với tên gọi ngành trước đây là Nuôi cá biển và nghề cá biển). Trong những năm gần đây, Trường ĐH Nha Trang liên tục phát triển các chương trình đào tạo sau đại học đáp ứng nhu cầu xã hội. Cụ thể, Nhà trường bắt đầu đào tạo ngành Công nghệ sau thu hoạch năm 2014; ngành Công nghệ thực phẩm và Quản trị kinh doanh năm 2020; và Kỹ thuật cơ khí, Công nghệ sinh học, Kinh tế và quản lý tài nguyên biển năm 2021. Đến nay, Trường ĐH Nha Trang được phép đào tạo 11 ngành tiến sĩ trong đó có 5 ngành truyền thống thuộc thế mạnh của Trường từ nuôi trồng, khai thác, chế biến, cơ khí cho đến kinh tế và các ngành mới khác đáp ứng nhu cầu phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao.
Chương trình đào tạo các ngành sau đại học được Nhà trường xây dựng cân bằng giữa các học phần cơ sở và chuyên ngành, chú trọng hoàn thiện, nâng cao kiến thức chuyên ngành, nâng cao khả năng nghiên cứu, phân tích và giải quyết vấn đề cho học viên. Hiện nay, Trường ĐH Nha Trang sở hữu hệ thống các phòng thí nghiệm phục vụ nhiều lĩnh vực, trong đó có các phòng thí nghiệm công nghệ cao về sắc ký, sinh học phân tử đáp ứng nhu cầu học tập và nghiên cứu cho học viên và nghiên cứu sinh. Tính đến năm 2020, lượng giảng viên cơ hữu tham gia đào tạo sau Đại học của Nhà trường gồm 20 Phó Giáo sư và 115 Tiến sĩ.
Nhà trường đã trải qua lịch sử hơn 60 năm thành lập và phát triển, trong đó có hơn 33 năm kinh nghiệm đào tạo trình độ tiến sĩ, số lượng và chất lượng các luận án tiến sĩ ngày càng tăng lên và bước đầu tiếp cận với chuẩn đào tạo của thế giới và khu vực. Kết quả thống kê cho thấy trong 10 năm gần đây (từ 2011 đến nay) đã có 47 luận án được bảo vệ (chiếm gần 50%) với tổng số bài báo từ hội thảo khoa học đến các bài báo đăng trên tạp chí trong nước và quốc tế là 215. Trung bình mỗi nghiên cứu sinh công bố từ 4 đến 5 bài báo hoặc báo cáo khoa học, trong đó số bài báo đăng trên tạp chí quốc tế hoặc các báo cáo hội thảo quốc tế là 42 bài, chiếm tỷ lệ 19,5%). Số bài báo công bố trung bình của các nghiên cứu sinh trên các tạp chí khoa học trong nước vượt gấp đôi định mức quy định đào tạo của Nhà trường. Điều này cho thấy năng lực và chất lượng đào tạo của Nhà trường ngày một tăng lên. Nhiều nghiên cứu sinh sau khi bảo vệ luận án thành công tại Trường ĐH Nha Trang và nhận học vị tiến sĩ, đã và đang có nhiều đóng góp cho sự phát triển của khoa học – công nghệ và đào tạo cũng như trong sản xuất, góp phần vào sự nghiệp đào tạo, NCKH và phát triển kinh tế - xã hội của đất nước.
Sự phát triển của đào tạo sau đại học, đặc biệt là đào tạo tiến sĩ của Trường ĐH Nha Trang đã gặt hái được nhiều thành công nhất định, thể hiện vai trò nòng cốt trong việc thực hiện chiến lược phát triển của Nhà trường và tầm nhìn đến năm 2030 là trường đại học đa lĩnh vực có uy tín trong đào tạo, nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ, hàng đầu khu vực Đông Nam Á về lĩnh vực khoa học thủy sản và một số ngành kinh tế biển, từng bước hướng đến xây dựng một đại học định hướng nghiên cứu.