Sau đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VI (1986), thực hiện chủ trương đổi mới giáo dục, đào tạo của Ðảng, Nhà trường đã triển khai Xây dựng mô hình "Đào tạo - nghiên cứu - sản xuất".
Tháng 10/1986, Bộ Đại học và Trung học chuyên nghiệp quyết định thành lập Trung tâm Nghiên cứu chế thử tàu cá và thiết bị thuộc Trường Đại học Thủy sản. Trung tâm này đặt nền móng và tiền đề cho việc hình thành các tổ hợp “đào tạo - khoa học - sản xuất”, mở đầu cho việc chuyển hướng, đổi mới của Trường.
Ngày 6/11/1987, Bộ Đại học và Trung học chuyên nghiệp quyết định thành lập Trung tâm Nuôi trồng Thủy sản trực thuộc Trường Đại học Thủy sản. Ngày 13/2/1988, Bộ Đại học và Trung học chuyên nghiệp cho thành lập Trung tâm Chế biến tổng hợp sản phẩm thủy sản. Sự hình thành các trung tâm là sự vận dụng năng động sáng tạo theo tinh thần đổi mới của Đảng và thực hiện các chương trình của ngành: “Đẩy mạnh nghiên cứu khoa học - lao động sản xuất, cải thiện điều kiện vật chất và kỹ thuật phục vụ đào tạo”.
Sau một thời gian ngắn, các trung tâm đã có những hoạt động khá hiệu quả. Các trung tâm đã đưa tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất, bồi dưỡng nâng cao trình độ cán bộ giảng dạy và là những cơ sở tốt cho sinh viên thực tập, góp phần nâng cao chất lượng đào tạo. Đây là một hướng đi đúng trong việc thực hiện nguyên lý giáo dục “học đi đôi với hành, giảng dạy kết hợp với lao động sản xuất, nhà trường gắn liền với xã hội”.
Tháng 8/1991, Nhà trường thành lập Ban Xây dựng chương trình đào tạo cao học. Tháng 7/1992, khai giảng lớp cao học khóa 1 ngành Cơ khí và Nuôi trồng Thủy sản, sau đó là ngành Khai thác và Chế biến.
Năm 2004, Nhà trường bắt đầu triển khai xây dựng Đề án “Đổi tên Trường Đại học Thủy sản thành Trường Đại học Nha Trang”. Đến ngày 02/10/2006, tại Lễ kỷ niệm truyền thống và khai giảng năm học mới, Nhà trường vinh dự đón nhận danh hiệu Anh hùng Lao động do Chủ tịch nước trao tặng. Đồng thời, công bố Quyết định của Thủ tướng Chính phủ chính thức đổi tên Trường Đại học Thủy sản thành Trường Đại học Nha Trang.
Trường Đại học Nha Trang đến nay đã trải qua 63 năm xây dựng và phát triển. Nhà trường đã đào tạo được hơn 67.000 kỹ sư và cử nhân, hơn 100 tiến sĩ và hơn 2.800 thạc sĩ phục vụ nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội của đất nước. Thực hiện thành công hơn 1.100 công trình khoa học cấp nhà nước, cấp bộ, cấp tỉnh, cấp cơ sở và quốc tế. Thiết lập quan hệ hợp tác với hơn 300 trường đại học, viện nghiên cứu, doanh nghiệp, địa phương trong nước và gần 100 trường đại học, viện nghiên cứu, các tổ chức chính phủ và phi chính phủ trên thế giới.
Nhà trường hiện có 20 khoa, viện, trung tâm nghiên cứu, trung tâm chuyển giao công nghệ trực thuộc. Tổ chức đào tạo 50 ngành, chuyên ngành trình độ đại học, 19 ngành trình độ thạc sĩ và 11 ngành trình độ tiến sĩ. Đội ngũ giảng viên Nhà trường có trình độ cao với gần 30 PGS, hơn 70 giảng viên cao cấp và giảng viên chính, 139 tiến sĩ, 337 thạc sỹ.
Công tác đảm bảo chất lượng đào tạo luôn được Nhà trường quan tâm, chú trọng. Kể từ năm 2006 đến nay, Nhà trường đã 4 lần triển khai hoạt động tự đánh giá cấp cơ sở giáo dục với 2 lần đánh giá ngoài chính thức. Trường là đơn vị hai lần đạt chuẩn kiểm định chất lượng cơ sở giáo dục đại học. Năm 2022, hai ngành Nuôi trồng thủy sản và Công nghệ chế biến thủy sản của Nhà trường được UPM xếp hạng 5 sao trong nhóm các chương trình định hướng ứng dụng.
Cơ sở vật chất của Nhà trường hiện có hơn 100 phòng học thuộc 12 tòa nhà được trang bị khá hiện đại với lưu lượng 6.000 sinh viên một ca học, cùng gần 100 phòng thí nghiệm, phòng hội thảo chuyên đề đạt tiêu chuẩn quốc tế. Gần 1.000 máy tính phục vụ cho các hoạt động giảng dạy, học tập, nghiên cứu, quản lý, khai thác và quảng bá thông tin của Trường trên internet. Thư viện đại học được trang bị hiện đại đáp ứng nhu cầu học tập, nghiên cứu. Hệ thống phòng ở của ký túc xá được thiết kế khép kín, phục vụ 4.000 sinh viên nội trú. Các công trình thể thao, vui chơi giải trí và cơ sở hạ tầng ngày càng được hoàn thiện, tạo cho khuôn viên Trường có vẻ đẹp đặc trưng.
Với triết lý giáo dục của Trường được khẳng định là: Phát triển tính chuyên nghiệp, khả năng sáng tạo và ý thức trách nhiệm trong môi trường giáo dục hội nhập, gắn kết với thực tiễn nghề nghiệp và cộng đồng. Trường Đại học Nha Trang đang không ngừng đổi mới, sáng tạo, nỗ lực phấn đấu vươn lên nhằm đạt mục tiêu “đến năm 2030 trở thành đại học đa lĩnh vực; thuộc nhóm đầu các đại học ở khu vực Đông Nam Á về một số ngành khoa học – công nghệ biển và thủy sản” và tầm nhìn đến năm 2045 là “ đại học có thứ hạng cao của Việt Nam; thuộc nhóm đầu các đại học ở châu Á về một số ngành khoa học – công nghệ biển và thủy sản”.
Ngô Văn An – Phòng Công tác Chính trị và Sinh viên.