Đầu năm 1966, Chính phủ chủ trương chuyển các trường đại học về cho ngành quản lý nhằm đảm bảo cho đào tạo sát với thực tế và phù hợp với tình hình chiến tranh. Tổng cục Thủy sản trình phương án thành lập trường đào tạo kỹ sư thủy sản trực thuộc Tổng cục. Chính phủ giao cho Bộ Đại học và Trung học chuyên nghiệp phối hợp với Tổng cục Thủy sản triển khai kế hoạch và chuẩn bị mọi điều kiện cho việc thành lập trường.
Tại phiên họp ngày 27/7/1966, Hội đồng Chính phủ ra Nghị quyết về việc thành lập Trường Thủy sản, trên cơ sở tách Khoa Thủy sản của Trường Đại học Nông nghiệp và ghép với một trường trung cấp của Tổng cục Thủy sản.
Ngày 16/8/1966, Hội đồng Chính phủ ra quyết định số 155/CP thành lập Trường Thủy sản thuộc quyền quản lý của Tổng cục Thủy sản.
Cuối tháng 8/1966, lãnh đạo Trường Đại học Nông nghiệp công bố quyết định thành lập Trường Thủy sản, biểu dương sự đóng góp tích cực, quan trọng của Khoa Thủy sản vào sự phát triển của Nhà trường.
Giai đoạn 1966 – 1975, là giai đoạn cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước của nhân dân ta bước vào thời kỳ quyết liệt. Trong giai đoạn này, mọi hoạt động của Nhà trường đều chịu ảnh hưởng của điều kiện thời chiến. Mặc dù phải đi sơ tán nhiều lần, sống trong dân, dựa vào dân, nhưng thầy và trò Trường Thủy sản vẫn quyết tâm hoàn thành nhiệm vụ giảng dạy, học tập và NCKH. Với tinh thần quyết tâm, truyền thống tự lực cánh sinh, nỗ lực vượt qua thử thách, Trường Thủy sản đã đạt được nhiều thành tựu quan trọng. Đội ngũ giảng viên tăng lên gần 100 người, đảm nhiệm giảng dạy hơn 90 môn học. Quy mô đào tạo ngày cảng được mở rộng. Nhà trường đã đào tạo được 1.225 sinh viên tốt nghiệp; tổ chức 3 hội nghị khoa học toàn trường, thực hiện thành công 41 công trình NCKH, trong đó một số đề tài được đưa vào phục vụ sản xuất có hiệu quả như: Điều tra nghiên cứu sông Châu Giang, Hà Nam, xây dựng mô hình nuôi cá nước ngọt trên sông hiệu quả cao; Nghiên cứu đặc điểm lý hóa nước thải thành phố và một số đầm nuôi cá bằng nước thải ở Hà Nội; Nghiên cứu rau câu chỉ vàng; Xác định và điều khiển vị trí lưới kéo tầng giữa.
Giảng viên và sinh viên Trường Thủy sản tham gia bảo dưỡng máy móc cho cơ sở sản xuất sau trận bom của địch (1972)
Thực tiễn 9 năm xây dựng và phát triển, trải qua nhiều khó khăn, gian khổ trong kháng chiến chống Mỹ (1966 -1975), nhưng Trường Thủy sản vẫn không ngừng phát triển và ngày càng khẳng định vị trí cao đối với ngành Thủy sản Việt Nam và xã hội. Nhà trường đã xây dựng được đội ngũ cán bộ vững về chính trị, giỏi về chuyên môn, góp phần quan trọng cho sự phát triển trong giai đoạn tiếp theo. Xây dựng được mối quan hệ mật thiết với chính quyền và nhân dân các địa phương, là cơ sở quan trọng gắn kết Nhà trường với xã hội, giữa đào tạo và NCKH với thực tiễn sản xuất.
Ngô Văn An - Phòng CTCT&SV